В связи с пандемией коронавируса с 11 июня 2020 года вся работа Центрального Таможенного Госпиталя полностью посвящена лечению больных с COVID-19. При поддержке Государственного Таможенного Комитета клинические отделения, лаборатория и диагностические службы Центрального Таможенного Госпиталя оснащены самым инновационным медицинским оборудованием и аппаратурой, что позволяет здесь лечить самых тяжелых коронавирусных больных.

11 июля 2020 года в Центральном Таможенном Госпитале была проведена встреча по обмену опытом с Сергеем Васильевичем Царенко, профессором факультета Фундаментальной медицины МГУ им. Ломоносова, заведующим курсом по реаниматологии, заместителем главного врача по анестезиологии и реанимации городской клинической больницы №52. На мероприятии приняли участие заместитель главного врача по лечебной работе Госпиталя Бахтияр Мусаев, начальник отделения реанимации Турал Садыгов, начальник отделения скорой помощи Рена Гасымова, врачи отделений скорой помощи, реанимации и интенсивной терапии, врачи – члены специально созданной группы ЭКМО.

В соответствии с указаниями президента Ильхама Алиева Оперативному штабу при Кабинете министров, в Азербайджан прибыла группа иностранных специалистов, работающих в области нового типа коронавируса COVID-19. 9 июля группа врачей из Российской Федерации посетила Азербайджанскую Республику в связи с пандемией коронавируса. Делегация во главе с Владимиром Никифоровым, главным специалистом по инфекционным заболеваниям Федерального медико-биологического агентства России (ФМБА), посетила Центральный таможенный госпиталь.